NVWA deelt informatie ToBRFV voor onderzoek

ToBRFV veroorzaakt een plantenziekte die tomaat, paprika en Spaanse peper kan aantasten. In oktober 2019 werd het virus op een bedrijf in de gemeente Westland gevonden. Deze eerste Nederlandse vondst heeft geleid tot een onderzoek om de omvang van de aanwezigheid van het virus in de Nederlandse tomatenteelt vast te stellen. Ook is een traceringsonderzoek gestart om mogelijke verbanden te identificeren tussen ToBRFV-genotypen, bedrijven en epidemiologische kenmerken.

Als onderdeel van het diagnostisch proces werd Illumina sequencing ingezet voor verificatie van de aanwezigheid van ToBRFV. De daarmee verkregen virale genomen zijn gebruikt voor het traceringsonderzoek. Sequentiegegevens en metadata van de ToBRFV traceringsonderzoek -tot en met november 2019- zijn met publieke data samengebracht in een interactieve webtool.

Een onderzoeksgroep in de Verenigde Staten heeft de webtool als publieke tool ontwikkeld voor het monitoren en traceren van verschillende humane virusziekten. Medewerkers van de NVWA hebben de tool gebruikt om de verspreiding en diversiteit van een belangrijk tomatenvirus in kaart te brengen en deze kennis gedeeld met andere landen.

Uit het onderzoek bleek dat de 50 vondsten van ToBRFV zijn te groeperen in 3 hoofdclusters, waarvan wordt verondersteld dat ze drie oorspronkelijke bronnen vertegenwoordigen. Er is geen verband gevonden tussen genotypen, bedrijven en epidemiologische kenmerken. Dit betekent dat de bronnen van de Nederlandse ToBRFV-uitbraak vooralsnog onbekend zijn.

Het delen van deze informatie met de interactieve online tool stelt het plantenvirologen in staat om de diversiteit en verspreiding van dit nieuwe virus beter te begrijpen en hierover te communiceren. De NVWA onderhoudt deze webtool en nodigt organisaties wereldwijd uit om gegevens of materialen te delen voor opname in de Nextstrain webtool.

Bron: AgriHolland